PEFC的成立可以追溯到1999年，是一個獨立的，非贏利的，非政府組織，當時為了應對歐洲小林場主及家庭林場主的一些特殊要求，來自11個國家的相關組織聚集在一起成立了PEFC，通過第三方獨立認證促進可持續性的森林管理。自成立以來，PEFC一直快速發展，相繼在歐洲、美洲、大洋洲、非洲和亞洲開展了業務。在今年的8月份，印度也正式加入了PEFC認證，成為了該認證的第40名成員。

PEFC發展的一個里程碑事件是在2005年，加拿大森林認證體系獲得PEFC認可，PEFC成為世界上最大的森林認證體系，認證面積超過1億公頃，2007年達到了2億公頃。

2009年是PEFC另一個重要之年，加蓬成為認可的第一個非洲森林認證體系國家，第一個熱帶森林認證體系。幾個月后，馬來西亞成為第二個PEFC認證的熱帶國家，是加入該體系的亞洲第一個國家。

2009年后PEFC開始更加忙碌，從2013年馬來西亞吉隆坡第一個PEFC森林認證周，到2014年阿根廷、中國和印度尼西亞國家森林認證體系獲得PEFC認可，活動頻繁。

當今世界，木材的濫砍亂伐現象仍然非常嚴重，第三方非盈利森林認證組織的成立有助于推動世界林業資源和環境的持續發展，保護世界生態的多樣性，也有利于林業資源的健康穩定發展。